Los orÃgenes de este templo datan del siglo XIII y según algunos historiadores perteneció a la orden de San Juan de Jerusalén, los antiguos Templarios que participaron en la reconquista de Cuenca.
El templo,en sus origenes, tenia de tres naves separadas con pilares que sostenÃan arcos apuntados como el que hay en la entrada principal. Su superficie abarcaba tanto los restos actuales como la calle del Obispo Guerra Campos y el antiguo convento que actualmente alberga un hotel.
Los estudios de los historiadores determinan que entre finales del siglo XV y principios del XVI, el antiguo tempo de la orden del Hospital se redujo a una ermita de una sola nave como consecuencia de la proximidad de nuevos templos como el de San Nicolás o la propia catedral.
Las obras vulvieron al actual San Pantaleón en el siglo XVIII, cuando el templo se denominaba San Juan de Letrán, para acondicionar los muros laterales de la cabecera. También se interviene en los siglos XIX y XX. Concretamente, en 1874 cuando se desmantela el templo para construir barricadas durante la Tercera Guerra Carlista, y en 1998 para colocar el monumento de Federico Muelas.
Lo que me parece lamentable es que un monumento de estas caracteristicas sea utilizado como una terraza de bar con las sillas y las mesas dentro de las propias ruinas,espero que esto cambien propio y sea musealizado.